Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Banda Aceh merupakan hasil integrasi dari 2(dua) UPT yaitu Stasiun Karantina Hewan Kelas II Malahayati dan Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas II Malahayati, yang berkedudukan di Provinsi Aceh. Integrasi ini sesuai dengan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.140/4/2008 tanggal 03 April 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis.

Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.140/4/2008, Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Banda Aceh merupakan salah satu UPT Badan Karantina Pertanian di Provinsi Aceh yang mempunyai tugas operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan serta pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati. SKP Kelas I Banda Aceh merupakan UPT eselon Iva yang  berada di bawah dan bertanggung jawab secara langsung kepada Kepala Badan Karantina Pertanian.

UPT SKP Kelas I Banda Aceh berada di kota Banda Aceh yang merupakan ibukota dari Provinsi Aceh dengan letak geografi sebagai berikut :

Daerah Provinsi Aceh

Letak                     : 2⁰ – 6⁰ Lintang Utara dan 95⁰ – 98⁰ Bujur Timur  

Luas Wilayah        : 58,375,63 KM²

Jumlah Penduduk : 4.494.410 jiwa ( Data BPS Thn 2010)

Tinggi Rata-rata    : 125 M, di atas permukaan laut

Batas wilayah      :

Sebelah Utara  dan Timur berbatasan dengan Selat Malaka

Sebelah Selatan berbatasan dengan Provinsi Sumatera Utara

Sebelah Barat berbatasan dengan Samudera Indonesia

Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Banda Aceh mempunyai tugas pokok melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan serta pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati. Wilayah Kerja  Stasiun Karantina Pertanian Kelas I Banda Aceh yang terdiri dari :

1. Wilker Bandar Udara Sultan Iskandar Muda, Kabupaten Aceh Besar
2. Wilker Pelabuhan Laut Malahayati, Kabupaten Aceh Besar
3. Wilker Pelabuhan Laut Sabang, Kota Sabang
4. Wilker Pelabuhan Laut Kuala Langsa, Kota Langsa
5. Wilker Pelabuhan Laut Meulaboh, Kabupaten Aceh Barat
6. Wilker Pelabuhan Laut Sinabang, Kabupaten Simeulue
7. Wilker Pelabuhan Laut Krueng Geukuh, Lhokseumawae, Kabupaten Aceh Utara
8. Wilker Kantor Pos, Banda Aceh